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PROTOCOLES
Extraction des protéines en vue d'un dépôt en électrophorèse.
Préparation des échantillons
Electrophorèse
Décoloration, réduction-alkylation, digestion enzymatique et extraction des peptides en vue d'une analyse par spectrométrie de masse
Migration d'un échantillon par électrophorèse mono-dimensionnelle à l'aide d'un gel SDS-PAGE réalisé soi-même.
Migration d'un échantillon par électrophorèse bi-dimensionnelle: protocole complet 2 dimensions.
Coloration au Bleu colloïdal
Coloration au nitrate d'argent.
Révélation des protéines phosphorylées par ProQ-Diamond.
Acquisition d'image à partir de gel d'électrophorèse 1D ou 2D et analyse différentielle pour la comparaison de plusieurs conditions d'étude.
Spectrométrie de masse
Analyse peptidomique par MALDI-TOF et MALDI-TOF/TOF.
Analyse peptidomique par nanoLC-MSMS de type QTOF.
Analyse peptidomique par nanoLC-MSMS de type Trappe ionique.
Mesure de masse entière d'une protéine isolée par MALDI-TOF et ESI-TOF.
Mesure de masse entière pour des complexes incluant des protéines, des ligands ou des acides nucléiques.
Bioinformatique
Création, mise à jour et sauvegarde des banques de données protéiques
Utilisation du logiciel Mascot pour les recherches dans les banques de données.
Utilisation du logiciel Phenyx pour les recherches dans les banques de données.
Séquençage de novo par l'utilsiation du logiciel Peaks.
Gestion des données à l'aide de Proteinscape.
Utilisation de PRIMS pour la visualisation des résultats obtenus par la plate-forme.