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Accueil
Besoins
La plate-forme traitant un grand nombre de demandes d'analyse, doit faire face à un besoin croissant en solutions informatiques (hardware et software) liées à la gestion, au stockage et à la sauvegarde des données issues des analyses protéomiques.
Architecture informatique
Schéma du réseau informatique
Stockage et sauvegarde des données
Serveur commun de stockage
Gestion et traçabilité des demandes d'analyses
            La plate-forme utilise une solution logicielle de type LIMS afin de gérer quotidiennement les demandes d'analyses. Celà assure une parfaite traçabilité des échantillons, ainsi que des données issues des spectromètres de masse et des logiciels de bio-analyse.
Outils bio-informatiques dédiés à la protéomique
Recherche dans les banques de données
            Afin d'exploiter les données expérimentales issues d'analyses peptidomiques, la plate-forme utilise les logiciels Mascot (Matrix Science) et Phenyx (Genebio) pour les recherches dans banques de données (publiques ou à façon).             L'objectif de ces logiciels est de comparer les données expérimentales issues des spectromètres de masse aux données spectrales et massiques contenues dans ces banques.
Sequençage de novo
            Lorsque les demandes d'analyse portent sur des organismes non-séquencés, la plate-forme utilise le logiciel Peaks (BSI) afin de pouvoir corréler les spectres de masse à des informations de séquence: celà permet ensuite de remonter à des données d'identification peptidique puis protéique.
Logiciel utilisé par les ingénieurs plate-forme
            La plate-forme utilise Proteinscape (Bruker) afin de :
(i) gérer les demandes d'analyse (par date et par demandeur), (ii) stocker les données issues des spectromètres de masse,
(iii) réaliser les recherches dans les banques de données,
(iv) valider et exporter les résultats (tableur, pdf).
Logiciel utilisé par les ingénieurs plate-forme
Logiciel utilisé par les demandeurs
            Les personnes ayant soumis une demande d'analyse peuvent visualiser l'avancement du traitement de celle-çi et les résultats obtenus à l'aide du logiciel PRIMS (Rouen).
En cours de développement.
Solution de sauvegarde
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Un réseau informatique a été mis en place afin de permettre aux sites de l'IBMC et de l'Institut de Chimie de communiquer, partager et sauvegarder de manière efficace et sécurisée les données acquises sur les différents instruments.
Une baie de stockage (Dell), située sur la plate-forme à l'IBMC, permet d'entreposer des "lames" pour:

stocker les données sous forme de NAS de 6 To (backups instruments, etc)

faire tourner les logiciels de bio-analyse (Mascot, Phenyx, Proteinscape, PRIMS)
Un NAS de 12 To est installé à l'Institut de Chimie afin de réaliser une copie miroir des données stockées sur le serveur commun, localisé au sous-sol de l'IBMC.
BIOINFORMATIQUE